首先简单说明一下PID控制的基本原理。PID控制是自动化控制工程中应用很广泛的调节控制规律，不同于开环控制，PID控制是闭环控制，它的基本控制结构见下图。
P比例作用是用来消除设定值和反馈的实际值之间的偏差，消除误差后再由积分I作用来消除稳态误差，而对于存在滞后的系统，通过微分D作用来达到提前预判的作用。
你所提到的PID输入进行变化，输出值和原来的相差了，我理解为PID输入设定值发生改变，PID输出值相应发生改变。就此理解来谈一下你说的情况。
就我所接触到的PID调节实际应用中，可以分为以下两种工况。第一种工况：PID的输入设定值恒定不变，PID根据反馈回来的实际值和设定值之差进行作用，调节被控对象直到稳定。第二种工况：例如加热升温的情况，要求目标温度不能太快也不能太慢，按照一定的速率上升，这时就可以对PID输入的目标值进行处理，让它按照一定的速率变化。这种情况下，输入值发生变化，输出也会跟着变化，调节参数到合适值，系统还是很稳定的。PID的作用就是要响应变化的，所以发生变化没关系，会自动调节到稳定状态的。