电气自动化：学到的技术要多，但知识面会窄些；机电一体化学的知识要多，但不太深入。
我个人选择电气自动化。
现在我从大学读书时的主干课程分析对比你就知了：
1、电气自动化技术主要课程：电工基础、电子技术、机械制图与CAD技术、机械设计基础、自动控制原理、电力电子技术基础、单片机原理与应用、电气测试技术、电子电路CAD技术、工厂供电、现代电气控制技术、电力系统继电保护、可编程序控制器及应用、电机与拖动、电力电子电路分析与仿真、变频器应用技术、过程控制与自动化仪表、计算机控制技术。
2、机电一体化主要课程：机械制造基础、液压与气压传动、机械系统设计、数控技术、工程测试与信息处理、机电传动控制、单片机原理及应用、机电一体化系统设计、可编程控制器及应用、微机接口技术、机械制造技术、CAD/CAM技术、计算机控制技术等。
3、从课程设置来看，我们基本上就能看出两者的大致区别了：（1）机电一体化学的比较杂， 机械知识相对电气自动化要学的多。（2）电气自动化专业度更高，以电学基础及自动控制为主。主要是从电路 磁场角度 以及控制方面来学。（3）两个专业对物理、数学的要求都比较高。所以物理、数学好的同学，可以考虑学。
总结：电气自动化，就是以电为主，学的多数跟电有关，相对较专业。
机电一体化，就是机械学些，电学些，两者都有，在课程设置上两者兼顾不会太深入钻研。