查看MSP430F5529这个单片机型号的数据手册发现，其引脚定义布局还是比较规范的，具体表现如下:
(1)引脚Pin1～Pin8，全部都是普通IO引脚，可以被同时定义A4～A15，CB4~CB11或者P6.4~P7.3；
(2)引脚Pin9~Pin20，几乎都是单功能定义引脚，软件或者硬件工程师在具体项目应用很方便，尤其是相对其他多功能复用引脚而言；我估计这就是你可能说的引脚乱的原因之一吧
(3)其他系列引脚均是类似，或者是单功能引脚，或者是多功能引脚；但是单片机的某一个功能模块引脚肯定是被安排在紧邻的位置，因为方便工程师PCB走线，也有利于产品设计，这个可以从芯片的功能框图布局分析得出
最后，无论MSP430F5529引脚定义乱还是不乱，最主要取决于研发工程师的设计；
1，如果硬件与软件在功能定义很好的匹配单片机的引脚定义，那么就不会显得很乱；
2，如果硬件与软甲在功能定义的时候没有去考虑匹配单片机自身的功能引脚，那么你就会觉得单片机引脚很乱，更重要的是你的设计因此也会变得很乱
作为研发工程师，需要有魄力，敢于向复杂的问题去挑战，你的工作技能才会得到提升
不单单是这一个芯片，你可以看到大部分MCU或者说所有的芯片吧，引脚基本都是乱的。
这么说吧，引脚是在芯片设计中放在最后考虑的。这跟芯片的设计和制造工艺有关，为了实现功能，芯片内部的布局和走线等不会考虑引脚位置，而是性能优先。