我认为380V电压90千瓦电机启动瞬间电流290A应该是十分正常的，出现问题描述的故障应该是控制柜内的控制线路设计得不合理所致。
电流表检测到一号水泵启动瞬间电流290A超载、然后自动启动二号水泵工作、自动启动二号水泵电流表同样检测到二号水泵启动瞬间电流290A超载、又自动启动一号水泵往复循环。
我认为其原因是由于电流表检测得到的不是运行电流而是启动电流，所以控制柜就误动作不能正常控制两台水泵工作。
解决的办法是把控制与检测电路中的电流表避开启动电流、检测运行电流来解决问题。
控制与检测电路中的电流表应该是经电流互感器接入的，如果是的话；可以启动前把电流互感器二次线短接、启动后（即转换成三角形运行后）电流互感器二次线才接入电流表问题应该可以解决问题。改接电流表接线如下图；
图中”TA”是电流互感器、”PA”是电流表、”KM角”是星三角启动器中的角接交流接触器的辅助常闭触点，其原理是；当星三角启动器启动时、只是主交流接触器与星形接法交流接触器吸合启动电动机、因此“KM角”交流接触器的辅助常闭触点仍然短接电流互感器二次线的电流表，当启动结束后其三角形接法交流接触器才吸合运行、与此同时其辅助常闭触点也断开短接的电流表线路电流表工作。
这个问题的控制方式我没有接触过，其具体工作原理更是不得而知，我只是根据问题描述的是因电流表检测到超载电流而出现误动作来回答问题。如果是控制电路中不是因为电流表、而是因电流继电器、又或者因其它检测元器件检测到超载电流而误动作的话；也可以在其控制回路中串接”KM角”交流接触器的辅助常开触点来实现避开启动电流检测运行电流来解决问题。改接如下图；
电动机的启动电流一般很大。如果是直接启动的话，启动电流一般可达到额定电流的4～7倍，采用星–三角启动时，启动时的线路电流只有接成三角形直接启动的1/3。也就是说星–三角启动时的启动电流为额定电流的1.3倍到2.3倍之间。90KW的电机额定电流大约为170安左右，具体数据可以看下电机的铭牌数据。由此可以看出，启动时瞬间电流为290安应该还是在正常范围内。
从题主所描述的情况来看，启动一号泵时显示超载 自动切换到二号泵，启动二号泵时也出现同样情况，且启动电流一样大，基本可以排除电机本身有故障。毕竟两台电机出现同样故障的可能性还是很小的。水泵的自动切换是靠热继电器和接触器的辅助触点动作实现的。出现频繁切换有可能是热继电器的整定值偏小，可以调整热继电器额定电流，再观察效果。也有可能是线路接线错误，比如常闭、常开触点弄反等，这时要仔细检查线路的接线。
另外，电机刚开始启动时，启动电流很大，然后会逐渐降低。题主所说的启动电流为290安，不知这个电流维持多长时间，如果维持时间较长不下降或下降速度很慢，说明启动时的负荷有点大，有可能是水泵没装平整、电机被卡或锈蚀、水压偏大等。用手拨动电机风扇试试有没有卡顿现象或阻力较大。